Die Yakuza sind in einer pyramidal strukturierten Hierarchie organisiert: ganz oben befindet sich der Patriarch, gefolgt von einer strengen Rangordnung mit Untergebenen. Als oberstes Prinzip gilt Oyabun-Kobun (Oyabun = Vaterrolle, Kobun = Kinderrolle). Wer Teil der Yakuza werden möchte, muss dieses Verhältnis akzeptieren und dem Boss uneingeschränkte Treue und Gehorsam schwören.

Wie jeder Pate muss der Oyabun seinen "Söhnen" auch bei Schwierigkeiten und Entscheidungen im Privatleben Schutz gewährleisten, ihnen helfen und sie beraten. Als Gegenleistung gilt, was ein altes japanisches Sprichwort vortrefflich auf den Punkt bringt: "Wenn dein Boss sagt, dass ein vorbei fliegender Rabe weiß ist, dann musst du mit ihm übereinstimmen."

Ein Motto der Yakuza lautet: "Der Kobun muss bereit sein, für seinen Oyabun ein Teppodrama (Kugel) zu sein."

Hält ein Yakuza-Mitglied den Kodex nicht ein, wird er mit Yubizume bestraft: sein direkter Vorgesetzter händigt ihm ein Messer und eine Schlinge aus und es sind keine weiteren Worte erforderlich - der Schuldige weiß, dass er sich das Glied seines kleinen Fingers abhacken muss. Die Strafe führt auf die Zeit der Samurai zurück, als die Amputation die Verteidigungsmöglichkeit mit dem Schwert extrem erschwerte und so den Samurai noch stärker von seinem Anführer abhängig machte. Heute besitzt dieses Ritual rein symbolischen Charakter, hat aber eine starke psychologische Bedeutung, die dazu dient, ein Bild der Kraft und Autorität der Organisation und Führung zu vermitteln, um Respekt und Gehorsam der Kobun sicherzustellen. Ein altes Yakuza-Sprichwort lautet: "Achte auf deine Feinde und noch mehr auf Deine Freunde."